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一、分類不同
魚的早期分類中,主要分為兩綱,一個是硬骨魚綱,另一個是軟骨魚綱,后來又加入了圓口綱,但后者的結構和人們認知的魚類不太一樣,所以前面兩種被合稱為真魚。硬骨魚又分為兩個亞綱,分別是肉鰭亞綱和輻鰭亞綱,而軟骨魚則分為板鰓亞綱和全頭亞綱。
二、骨頭不同
無論是硬骨魚還是軟骨魚,它們的外形特征都大同小異,但骨頭卻大不相同。硬骨魚中的部分或全部骨骼已經骨化為硬骨質,鱗片為骨質板狀,頭骨還有接縫。而軟骨魚的骨頭完全由軟骨組成,雖然會鈣化,但并沒有真骨組織。這類魚的外骨骼不發達,有的甚至退化,身體表面為盾鱗。
三、特征不同
硬骨魚的鰓間隔退化了,同時具有鰓蓋骨,尾鰭為正尾型,上下是對稱的,內部的尾椎末端向上翹起。另外大多數硬骨魚有魚鰾,可以調節身體比重,從而更好的上浮和下沉。軟骨魚的尾鰭為歪尾型,有的甚至呈鞭狀,鰓裂會單獨外露,而且沒有魚鰾,不過其肝部肥大,可以調節身體比重。
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